O BARKODOWANIU DNA

Metoda barkodowania DNA została opracowana w 2003 roku przez Paula Heberta z Instytutu Bioróżnorodności Uniwersytetu Guelph w Kanadzie. Służy identyfikacji gatunków na podstawie fragmentów tkanek oraz w stadiach rozwojowych trudnych do określenia w tradycyjny sposób. Technika wychodzi naprzeciw taksonomom, którzy wielokrotnie mają do czynienia z gatunkami kryptycznymi, trudnymi do rozróżnienia w terenie jedynie na podstawie cech morfologicznych. U podstaw metody leży analiza krótkich sekwencji DNA badanych organizmów, które tworzą w ich genomach specyficzny kod paskowy tzw. barkod DNA. Opracowaniem uniwersalnego barkodu dla świata roślin, który umożliwiłby rozróżnienie wielu gatunków roślin zajmuje się Plant Working Group, międzynarodowa grupa badaczy, działająca w ramach Konsorcjum CBOL (Consortium for the Barcode of Life). Dotychczas do ustalenia kodu paskowego wytypowała zestaw barkodów stanowiących sekwencje wybranych regionów DNA chloroplastowego (matK, rbcL, rbcLa, trnH psbA, rpoC1, rpoB, atpF-atpH, psbK-I) oraz DNA jądrowego (ITS1, ITS2), wykorzystywanego rutynowo w identyfikacji grzybów. Jako uniwersalne znaczniki typuje się sekwencje, które cechuje duża zmienność pomiędzy gatunkami a zarazem mała zmienność w obrębie gatunku.

Cel projektu jakim jest opracowanie bazy kodów genetycznych rodzimej flory puszczańskiej, został poprzedzony pracą specjalistów – fitosocjologów odpowiedzialnych za rzetelne przeprowadzenie zbioru materiału roślinnego w terenie. Uzyskanie wiarygodnych barkodów DNA możliwe jest bowiem jedynie na podstawie fragmentów tkanek gatunków nie budzących wątpliwości taksonomicznych. W przypadku wielu taksonów, ich zbiór zaplanowano w momencie osiągnięcia przez roślinę odpowiedniego stadium rozwojowego umożliwiającego jej identyfikację. W przyszłości, dzięki opracowanej liście barkodów referencyjnych, możliwa będzie identyfikacja wielu gatunków roślin jedynie na podstawie ich niewielkich, pofragmentowanych skrawów.

Technika barkodowania DNA wykorzystywana z powodzeniem na świecie w botanice sądowej m.in. w celu identyfikacji zagrożonych wyginięciem gatunków roślin będących przedmiotem nielegalnego handlu, jest obecnie wdrażana do praktyki leśnej w LBG Kostrzyca.

W 2020 roku Pracownia Analizy DNA, w której prowadzone są badania, przewiduje organizację szkoleń naukowo – instruktażowych dla pracowników LP w zakresie metod prawidłowego zabezpieczenia próbek biologicznych w terenie oraz możliwości użycia barkodów DNA w identyfikacji gatunków roślin.

Przykład barkodu roślinnego – zsekwencjonowany fragment genu rbcL bezlistu okrywowego.

Font Resize
Contrast